针对集团旗下两个公司合并时员工赔偿的问题，可依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定进行分析：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。若合并导致原劳动合同客观情况重大变化（如工作地点跨市迁移），新公司与员工协商变更合同未达成一致而解除合同的，需按此条支付经济补偿。若新公司违法解除劳动合同（如未协商直接辞退不愿去的员工），则适用第八十七条，需支付赔偿金（经济补偿的2倍）。因此，员工是否能获得赔偿及金额，需结合合并对劳动合同的影响及公司解除行为的合法性判断。
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集团旗下两个公司合并时，以下特殊情况可能影响员工赔偿的处理：1.合并后新公司继承原劳动合同且核心条款未变：若新公司明确表示继续履行原劳动合同，工作地点、岗位、薪酬等均未变更，仅主体变更为合并后的公司，员工无正当理由拒绝到岗的，无法获得赔偿。2.员工与公司签订的劳动合同中约定了“合并时的岗位调整条款”：若劳动合同中明确约定“公司合并时员工需服从岗位调整”，且该约定不违反法律规定，员工以“不愿意去”为由拒绝的，可能无法主张赔偿。3.合并属于集团内部重组且未影响员工实际工作：若两个公司合并仅为集团内部架构调整，员工实际工作内容、地点、薪酬均未变化，员工单纯因主体变更拒绝到岗的，通常无法获得赔偿。
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关于集团旗下两个公司合并时员工不愿意去是否能得到赔偿的问题，需结合合并后劳动合同的履行情况判断。以下为不同情形的详细说明：员工是否能获得赔偿取决于合并后劳动合同的履行状态：1.若合并后新公司未变更原劳动合同的核心内容（如工作地点、岗位、薪酬），仅要求员工到新主体工作，员工无正当理由拒绝的，通常无法获得赔偿。2.若合并导致原劳动合同订立时的客观情况发生重大变化（如工作地点大幅变更、岗位性质改变），新公司与员工协商变更劳动合同未达成一致，进而解除劳动合同的，员工可获得经济补偿。3.若新公司直接以合并为由违法解除劳动合同（如未协商直接辞退），员工可要求赔偿金（经济补偿的2倍）。
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集团旗下两个公司合并时，员工不愿意去可能面临以下法律风险：1.公司以“客观情况变化”为由合法解除合同但少付补偿：例如，合并后公司将员工工作地点从北京市中心迁至郊区，与员工协商变更合同未达成一致后解除合同，但仅按当地最低工资标准计算经济补偿，导致员工实际损失。2.公司以“自愿离职”为由规避赔偿：例如，公司口头告知员工“合并后原岗位取消，若不愿意去新岗位就写自愿离职申请”，员工未察觉风险签署申请后，公司以此为由拒绝支付任何补偿。

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