员工申请劳动仲裁的法律依据主要来自《劳动争议调解仲裁法》和《劳动合同法》，以下结合具体条款分析：
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第2条，因确认劳动关系、支付劳动报酬、解除劳动合同经济补偿等发生的争议属于劳动仲裁受案范围。《劳动合同法》第38条规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等，劳动者可解除劳动合同并主张经济补偿（第46条）；第87条规定，用人单位违法解除劳动合同的，应按经济补偿标准的2倍支付赔偿金。员工上班3个月，若因单位违法被迫辞职或被违法辞退，其仲裁请求符合上述法律规定，仲裁委应依法受理并支持合法诉求。
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员工上班3个月后主动离职或被辞退，是否能申请劳动仲裁需结合具体情况判断。
1. 若员工因个人原因主动辞职，且用人单位无违法情形（如未缴社保、拖欠工资），一般无法通过劳动仲裁主张经济补偿；
2. 若员工因用人单位存在《劳动合同法》第38条规定的违法情形（如未及时足额支付工资、未依法缴纳社保）而被迫辞职，可申请劳动仲裁要求经济补偿；
3. 若员工被用人单位违法辞退（如无正当理由解除劳动关系），可申请劳动仲裁要求赔偿金（相当于2倍经济补偿）。
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员工上班3个月后的劳动争议处理，存在以下特殊情况影响结果：
1. 员工处于试用期内：若用人单位能证明员工不符合录用条件（如试用期考核不合格且已提前告知），即使辞退也无需支付赔偿，仲裁请求可能不被支持；
2. 员工存在严重违纪行为：如上班期间多次旷工、泄露商业秘密，用人单位据此解除劳动合同合法，员工主张赔偿的仲裁请求将被驳回；
3. 双方未签订书面劳动合同：员工可额外主张2个月的双倍工资（第2、3个月），但需证明劳动关系存在（如工资流水、工作记录），若证据不足则无法获得支持。
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员工在处理上班3个月后的劳动争议时，易出现以下错误操作：
1. 主动辞职时未书面说明原因：若因单位违法辞职却未在离职申请中注明，仲裁时可能无法证明“被迫辞职”，导致经济补偿主张不被支持；
2. 超过仲裁时效申请：自离职之日起超过1年才申请仲裁，仲裁委将不予受理，丧失胜诉权；
3. 证据收集不全：仅口头主张单位违法，却无工资流水、社保记录等书面证据，仲裁请求可能因缺乏依据被驳回。
若已出现上述错误，建议尽快咨询律师评估补救可能。

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